Nhiều chủ doanh nghiệp và kế toán thường nghĩ rằng BHXH kiểm tra doanh nghiệp chỉ xảy ra khi công ty nợ tiền bảo hiểm xã hội (BHXH), bảo hiểm y tế (BHYT) hoặc bảo hiểm thất nghiệp (BHTN). Tuy nhiên, thực tế hoàn toàn khác. Cơ quan Bảo hiểm xã hội Việt Nam có quyền tiến hành thanh tra bảo hiểm xã hội định kỳ hoặc đột xuất nhằm đảm bảo mọi doanh nghiệp tuân thủ nghiêm ngặt pháp luật về BHXH, BHYT, BHTN.

Với việc Luật Bảo hiểm xã hội 2024 (có hiệu lực từ 01/7/2025) và đặc biệt là Thông tư số 126/2025/TT-BTC ban hành ngày 24/12/2025 của Bộ Tài chính quy định rõ quy trình kiểm tra chuyên ngành, doanh nghiệp cần nắm vững nội dung kiểm tra để chủ động chuẩn bị, tránh các rủi ro pháp lý không đáng có. Bài viết này sẽ phân tích chi tiết cơ quan BHXH sẽ kiểm tra những gì đối với doanh nghiệp, dựa trên quy định chính thống và kinh nghiệm thực tế từ hàng trăm doanh nghiệp tại Hải Phòng và toàn quốc mà Kế Toán Thuế Ngọc Vân đã hỗ trợ.

BHXH kiểm tra doanh nghiệp dựa trên cơ sở pháp lý nào?

Hoạt động kiểm tra của cơ quan BHXH được thực hiện theo chức năng thanh tra chuyên ngành về đóng BHXH, BHYT, BHTN, được quy định tại Luật Bảo hiểm xã hội 2024 và các văn bản hướng dẫn.

Đặc biệt, từ năm 2026, Thông tư 126/2025/TT-BTC đã chuẩn hóa quy trình kiểm tra, bao gồm cả kiểm tra từ xa (qua dữ liệu điện tử) và kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp. Điều này giúp cơ quan BHXH phát hiện sớm các dấu hiệu vi phạm, đồng thời giảm thiểu thời gian gián đoạn hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp.

BHXH kiểm tra doanh nghiệp không phải là “phạt” mà là biện pháp giám sát để bảo vệ quyền lợi người lao động và đảm bảo quỹ BHXH vận hành minh bạch, bền vững.

BHXH Kiểm tra doanh nghiệp dựa trên cơ sở pháp lý nào?

Nội dung kiểm tra chuyên ngành theo Điều 3 Thông tư 126/2025/TT-BTC

Theo Điều 3 Thông tư 126/2025/TT-BTC, nội dung kiểm tra tập trung chủ yếu vào việc thực hiện pháp luật về BHXH, BHTN, BHYT đối với người sử dụng lao động (doanh nghiệp). Cụ thể bao gồm:

1. Kiểm tra việc đăng ký tham gia, đóng BHXH, BHTN, BHYT

   • Việc đăng ký tham gia BHXH bắt buộc, BHTN, BHYT cho toàn bộ người lao động (NLĐ).
   • Hồ sơ đề nghị cấp sổ BHXH, thẻ BHYT cho NLĐ.
   • Mức lương, phụ cấp đóng BHXH có đúng quy định (ít nhất bằng mức lương tối thiểu vùng, không thấp hơn lương thực trả theo hợp đồng lao động).
   • Tỷ lệ đóng, phương thức đóng (hàng tháng, hàng quý) và việc nộp đúng hạn.

2. Kiểm tra hồ sơ đề nghị giải quyết hưởng, chi trả các chế độ BHXH

   • Hồ sơ hưởng chế độ ốm đau, thai sản, tai nạn lao động – bệnh nghề nghiệp, hưu trí, tử tuất.
   • Việc doanh nghiệp xác nhận thời gian đóng, mức lương đóng để NLĐ hưởng đúng quyền lợi.
   • Các trường hợp nghi ngờ trục lợi quỹ (ví dụ: lao động nữ đóng BHXH ngắn hạn rồi sinh con).

3. Kiểm tra việc sử dụng quỹ BHYT

Đối với cơ sở khám chữa bệnh ký hợp đồng với BHXH, nhưng doanh nghiệp cũng liên quan gián tiếp khi NLĐ sử dụng thẻ BHYT.

Ngoài ra, nếu doanh nghiệp là cơ sở khám chữa bệnh ký hợp đồng với BHXH, sẽ kiểm tra thêm việc thực hiện hợp đồng khám chữa bệnh BHYT.

Lưu ý quan trọng: Bảo hiểm xã hội kiểm tra doanh nghiệp thường đối chiếu dữ liệu từ nhiều nguồn: báo cáo BHXH điện tử, tờ khai thuế TNCN, bảng lương, chấm công, hợp đồng lao động. Bất kỳ sự chênh lệch nào cũng có thể dẫn đến yêu cầu giải trình hoặc truy thu.

Bảo hiểm xã hội kiểm tra doanh nghiệp

Xem thêm: Hạch toán dự phòng phải trả: Những lưu ý trọng yếu cho kế toán

Thời hạn kiểm tra theo quy định tại Điều 9 Thông tư 126/2025/TT-BTC

Thông tư mới quy định rõ thời hạn để đảm bảo tính minh bạch và không làm ảnh hưởng quá lớn đến hoạt động doanh nghiệp:

• Kiểm tra trực tiếp tại chỗ: Không quá 15 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra. Trường hợp phức tạp hoặc địa bàn khó khăn, gia hạn một lần không quá 07 ngày.
• Kiểm tra từ xa (qua dữ liệu điện tử): Không quá 10 ngày kể từ ngày bắt đầu (xác định trên thông báo). Gia hạn một lần không quá 05 ngày nếu phức tạp.
• Chuyển từ kiểm tra từ xa sang trực tiếp: Tổng thời gian cả hai phương thức không vượt quá thời hạn quy định cho kiểm tra trực tiếp.

Nhờ quy định này, doanh nghiệp có thể dự đoán và chuẩn bị tốt hơn, đặc biệt khi nhận thông báo kiểm tra từ xa trước.

Doanh nghiệp thường bị kiểm tra những hồ sơ nào trong thực tế?

Dựa trên kinh nghiệm từ các cuộc thanh tra bảo hiểm xã hội mà Kế Toán Thuế Ngọc Vân hỗ trợ, đoàn kiểm tra thường yêu cầu các tài liệu sau (để đối chiếu với dữ liệu điện tử):

• Danh sách lao động tham gia BHXH (Mẫu TK1-TS, D02-LT).
• Hợp đồng lao động, phụ lục hợp đồng (đặc biệt mức lương đóng BHXH).
• Bảng chấm công, bảng lương chi tiết (có chữ ký NLĐ).
• Biên lai nộp BHXH, chứng từ chuyển khoản hàng tháng.
• Hồ sơ hưởng chế độ BHXH (giấy xác nhận nghỉ ốm, thai sản…).
• Quy chế lương thưởng, nội quy lao động.
• Báo cáo quyết toán thuế TNCN để so sánh mức lương thực tế.

Bảng so sánh nhanh các nội dung kiểm tra phổ biến và rủi ro liên quan:

Doanh nghiệp thường bị kiểm tra hồ sơ nào trong thực tế?

Doanh nghiệp cần làm gì để tránh rủi ro khi bị BHXH kiểm tra?

Để BHXH kiểm tra doanh nghiệp không trở thành “cơn ác mộng”, hãy thực hiện ngay các bước sau:

• Rà soát toàn bộ danh sách lao động: Đảm bảo 100% NLĐ đủ điều kiện đều được đăng ký tham gia BHXH, BHYT, BHTN.
• Kiểm tra mức lương đóng BHXH: Phải đúng quy định (ít nhất bằng lương tối thiểu vùng, không thấp hơn lương thực tế theo hợp đồng).
• Đóng BHXH đầy đủ, đúng hạn: Ưu tiên thanh toán như một khoản chi bắt buộc hàng tháng.
• Lưu trữ hồ sơ lao động – BHXH khoa học: Sắp xếp theo từng NLĐ, scan lưu trữ điện tử, dễ tra cứu.
• Đối chiếu dữ liệu định kỳ: So sánh báo cáo BHXH với thuế TNCN, bảng lương ít nhất 3 tháng/lần.
• Chủ động liên hệ BHXH: Nếu phát hiện sai sót hoặc nợ đọng, xin gia hạn, giải trình sớm để giảm thiểu phạt.

Hợp tác với đơn vị kế toán chuyên nghiệp như Kế Toán Thuế Ngọc Vân sẽ giúp doanh nghiệp duy trì hệ thống tuân thủ 100%, giảm thiểu rủi ro khi bị kiểm tra.

LIÊN HỆ TƯ VẤN MIỄN PHÍ: 0941 233 469

Công Ty TNHH Dịch Vụ Doanh Nghiệp Ngọc Vân

• Trụ sở chính: Tầng 3, Số 69 Nguyễn Tất Tố, Lê Chân, Hải Phòng
• Chi nhánh Hà Nội: Tầng 6, Số 2 Ngõ 18, Nguyễn Cơ Thạch, Từ Liêm, Hà Nội
• Chi nhánh Hà Giang: Số 88, Đường 20/8, Phường Hà Giang 1, Tỉnh Tuyên Quang

Xem thêm: Tài khoản 352 và những lưu ý quan trọng về dự phòng phải trả doanh nghiệp cần biết

Kết luận

Cơ quan BHXH kiểm tra doanh nghiệp không chỉ dừng ở việc nợ đóng mà bao quát toàn diện việc đăng ký, đóng góp, giải quyết chế độ và sử dụng quỹ BHXH, BHYT, BHTN theo Thông tư 126/2025/TT-BTC. Việc nắm rõ nội dung kiểm tra, thời hạn và chuẩn bị hồ sơ đầy đủ sẽ giúp doanh nghiệp tránh phạt nặng, truy thu lớn, đồng thời bảo vệ quyền lợi NLĐ và xây dựng uy tín lâu dài.