Kê khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp là tình huống doanh nghiệp có thể gặp khi rà soát và phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp trước đó có sai sót. Khi đó, doanh nghiệp không chỉ cần thực hiện khai bổ sung mà còn phải xác định số thuế tăng thêm và nghĩa vụ tiền chậm nộp nếu có. Đặc biệt, từ ngày 01/07/2026, Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 có hiệu lực, cùng với Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Quản lý thuế. Xem toàn văn Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 tại Cổng thông tin điện tử Chính phủ và Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Vậy kê khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp có bị tính tiền chậm nộp không? Tiền chậm nộp được tính từ thời điểm nào? Cùng Kế toán Ngọc Vân tìm hiểu chi tiết trong bài viết dưới đây.

1. Kê khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp

Trong quá trình kê khai và quyết toán thuế, doanh nghiệp có thể phát hiện sai sót liên quan đến doanh thu, chi phí, thu nhập chịu thuế, số thuế được khấu trừ hoặc các nội dung khác trên hồ sơ khai thuế.

Khi phát hiện sai sót, người nộp thuế thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định.

Nếu sau khi khai bổ sung, số thuế phải nộp cao hơn số đã kê khai trước đó, phần chênh lệch được xác định là số thuế phải nộp tăng thêm.

Ví dụ:

Doanh nghiệp kê khai hồ sơ thuế ban đầu:

• Số thuế phải nộp: 100 triệu đồng.
• Sau khi rà soát phát hiện sai sót.
• Số thuế phải nộp sau khai bổ sung: 130 triệu đồng.

Như vậy:

130 triệu đồng - 100 triệu đồng = 30 triệu đồng

Doanh nghiệp phát sinh thêm 30 triệu đồng tiền thuế phải nộp.

Đối với khoản thuế tăng thêm này, doanh nghiệp cần xác định nghĩa vụ tiền chậm nộp theo quy định.

Kê khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp

2. Kê khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp có phải nộp tiền chậm nộp không?

Có.

Theo Điều 16 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, trường hợp người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác làm tăng số tiền thuế, khoản thu khác phải nộp thì thuộc trường hợp phải nộp tiền chậm nộp.

Bạn có thể xem trực tiếp Điều 16 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.

Như vậy, nếu doanh nghiệp phát hiện hồ sơ khai thuế có sai sót và việc khai bổ sung dẫn đến tăng số thuế phải nộp, doanh nghiệp cần thực hiện:

1. Khai bổ sung hồ sơ thuế.
2. Nộp phần thuế tăng thêm.
3. Xác định tiền chậm nộp phát sinh nếu thuộc trường hợp phải nộp.
4. Thực hiện đầy đủ nghĩa vụ với ngân sách nhà nước.

3. Tiền chậm nộp khi kê khai bổ sung được tính từ ngày nào?

Đây là vấn đề doanh nghiệp đặc biệt cần lưu ý.

Theo Công văn 4160/KHH-QLDN1 ngày 04/08/2026 của Thuế tỉnh Khánh Hòa, trường hợp doanh nghiệp khai bổ sung hồ sơ khai thuế TNCN làm tăng số thuế phải nộp thì phải nộp tiền chậm nộp đối với số tiền thuế phải nộp tăng thêm, tính từ ngày kế tiếp ngày cuối cùng của thời hạn nộp thuế của kỳ tính thuế có sai, sót. Xem Công văn 4160/KHH-QLDN1.

Điều này có nghĩa là doanh nghiệp không nên mặc định tiền chậm nộp chỉ được tính từ ngày thực hiện tờ khai bổ sung.

Ví dụ

Doanh nghiệp có số thuế phải nộp theo hồ sơ ban đầu là 100 triệu đồng. Sau khi kiểm tra, doanh nghiệp phát hiện sai sót và khai bổ sung, số thuế phải nộp tăng lên 130 triệu đồng.

Phần thuế tăng thêm là: 130 triệu - 100 triệu = 30 triệu đồng

Nếu thuộc trường hợp phải tính tiền chậm nộp thì doanh nghiệp phải xác định tiền chậm nộp đối với 30 triệu đồng tăng thêm theo thời gian được quy định, thay vì chỉ tính từ ngày doanh nghiệp thực hiện khai bổ sung.

Thời gian tính tiền chậm nộp kê khai bổ sung

Xem thêm: Không Phát Sinh Khấu Trừ Thuế TNCN Có Phải Nộp Tờ Khai Không?

4. Mức tiền chậm nộp khi kê khai bổ sung

Mức tiền chậm nộp khi kê khai bổ sung là bao nhiêu?

Theo quy định về tiền chậm nộp tại Điều 16 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, mức tính tiền chậm nộp đối với khoản thuế, khoản thu khác chậm nộp do cơ quan quản lý thuế quản lý thu là 0,03%/ngày tính trên số tiền chậm nộp.

Xem trực tiếp Điều 16 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.

Công thức có thể khái quát:

Tiền chậm nộp = Số tiền thuế chậm nộp × 0,03% × Số ngày chậm nộp

Trong đó:

• Số tiền thuế chậm nộp: số tiền thuế thuộc trường hợp phải tính tiền chậm nộp.
• 0,03%/ngày: mức tính tiền chậm nộp theo quy định.
• Số ngày chậm nộp: xác định theo quy định pháp luật về quản lý thuế.

Doanh nghiệp cần xác định chính xác thời điểm bắt đầu và kết thúc thời gian tính tiền chậm nộp thay vì chỉ lấy ngày khai bổ sung để tính.

Thời gian tính tiền chậm nộp được xác định như thế nào?

Nội dung này được hướng dẫn tại Nghị định 252/2026/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 01/07/2026.

Theo quy định về thời gian tính tiền chậm nộp, việc tính tiền được xác định theo thời hạn nộp thuế và thời điểm thực tế hoàn thành nghĩa vụ nộp tiền theo từng trường hợp.

Doanh nghiệp có thể xem toàn văn Nghị định 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ để đối chiếu quy định chi tiết.

Doanh nghiệp cần xác định ít nhất 4 mốc:

• Kỳ tính thuế có sai sót.
• Thời hạn nộp thuế của kỳ đó.
• Ngày khai bổ sung.
• Ngày thực tế nộp số thuế tăng thêm vào ngân sách nhà nước.

Việc xác định đúng các mốc thời gian này giúp doanh nghiệp tính đúng số tiền chậm nộp.

Xem thêm: Chi phí lương được trừ khi tính thuế TNDN – Điều kiện và hồ sơ cần thiết năm 2026

5. Nếu doanh nghiệp có khoản thuế nộp thừa thì xử lý thế nào?

Đây là một tình huống cũng được đề cập trong Công văn 4160/KHH-QLDN1.

Theo nội dung công văn, tại thời điểm hạn nộp thuế của các kỳ kê khai thuế TNCN, nếu doanh nghiệp có phát sinh khoản thuế nộp thừa thì hệ thống quản lý thuế của cơ quan thuế có thể tự động bù trừ khoản nộp thừa với số tiền thuế phát sinh phải nộp của lần tiếp theo nếu đáp ứng điều kiện theo quy định được viện dẫn trong công văn.

Do đó, khi doanh nghiệp kê khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp, không nên chỉ căn cứ vào số thuế trên tờ khai.

Cần đồng thời đối chiếu:

• Số thuế đã kê khai.
• Số thuế đã nộp.
• Số thuế nộp thừa.
• Số thuế còn phải nộp.
• Số tiền chậm nộp.
• Tình trạng nghĩa vụ thuế trên hệ thống quản lý thuế.

6. Quy trình xử lý khi phát hiện kê khai thiếu thuế

Khi phát hiện kê khai thiếu thuế, doanh nghiệp có thể thực hiện theo các bước sau:

Bước 1: Xác định kỳ thuế có sai sót

Xác định chính xác tháng, quý hoặc năm xảy ra sai sót.

Bước 2: Rà soát hồ sơ

Kiểm tra:

• Tờ khai thuế.
• Hóa đơn.
• Chứng từ.
• Sổ kế toán.
• Doanh thu.
• Chi phí.
• Các khoản khấu trừ.
• Các tài liệu liên quan.

Bước 3: Xác định số thuế chênh lệch

So sánh số liệu trước và sau khi điều chỉnh.

Số thuế sau khai bổ sung - Số thuế đã kê khai = Số thuế tăng thêm

Bước 4: Thực hiện khai bổ sung

Thực hiện hồ sơ khai bổ sung theo quy định hiện hành.

Bước 5: Xác định tiền chậm nộp

Xác định:

• Số tiền thuế tăng thêm.
• Thời hạn nộp thuế.
• Thời gian chậm nộp.
• Mức tính tiền chậm nộp.

Bước 6: Đối chiếu nghĩa vụ thuế

Kiểm tra số tiền đã nộp, số nộp thừa và số còn phải nộp trên hệ thống quản lý thuế.

Bước 7: Hoàn thành nghĩa vụ

Nộp đầy đủ số thuế tăng thêm và tiền chậm nộp nếu phát sinh.

Quy trình xử lý khi kê khai thiếu thuế

Việc kê khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp không chỉ đơn giản là nhập lại số liệu trên tờ khai. Doanh nghiệp cần xác định chính xác kỳ sai sót, số thuế chênh lệch, thời hạn nộp thuế và tiền chậm nộp liên quan.

Kế toán Ngọc Vân cung cấp các dịch vụ kế toán – thuế như kế toán thuế, kế toán trọn gói, hoàn thuế và tư vấn các vấn đề liên quan đến kế toán – thuế. Theo hồ sơ năng lực doanh nghiệp, Kế toán Ngọc Vân có hơn 30 nhân sự với kinh nghiệm trong lĩnh vực kế toán, kiểm toán và cung cấp các giải pháp kế toán – thuế cho doanh nghiệp.

Doanh nghiệp có thể được hỗ trợ:

• Rà soát hồ sơ khai thuế đã nộp.
• Kiểm tra sai sót trên tờ khai.
• Xác định số thuế chênh lệch.
• Đối chiếu nghĩa vụ thuế.
• Kiểm tra các khoản nộp thừa.
• Xác định tiền chậm nộp phát sinh.
• Hỗ trợ lập hồ sơ khai bổ sung.
• Tư vấn phương án xử lý hồ sơ.
• Hỗ trợ giải trình số liệu khi có yêu cầu.

Xem thêm: Hướng dẫn chuyên sâu nộp thuế TNCN theo quý đúng quy định pháp luật hiện hành

Kết luận

Kê khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp có thể phát sinh nghĩa vụ tiền chậm nộp đối với khoản thuế tăng thêm nếu thuộc trường hợp phải nộp theo quy định. Từ ngày 01/07/2026, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý các quy định mới của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Theo quy định hiện hành, mức tiền chậm nộp đối với khoản thuế chậm nộp thuộc trường hợp áp dụng là 0,03%/ngày trên số tiền chậm nộp. Doanh nghiệp cần xác định chính xác thời gian tính tiền chậm nộp dựa trên kỳ tính thuế và thời hạn nộp thuế tương ứng.

Vì vậy, khi phát hiện sai sót, doanh nghiệp nên chủ động rà soát, khai bổ sung và xác định đầy đủ nghĩa vụ thuế, tiền chậm nộp để hạn chế rủi ro trong quá trình quản lý thuế.

CÔNG TY TNHH DỊCH VỤ DOANH NGHIỆP NGỌC VÂN

• Hotline: 0941 233 469
• Website: www.vnyuyun.com
• Email: ttv@vnyuyun.com
• Trụ sở: Tầng 3, Số 69 Nguyễn Tất Tố, Lê Chân, Hải Phòng
• Chi nhánh Hà Nội: Tầng 6, Số 2 Ngõ 18 Nguyễn Cơ Thạch, Phường Từ Liêm, Hà Nội
• Chi nhánh Tuyên Quang: Số 88, Đường 20/8, Phường Hà Giang 1, Tuyên Quang

Kế toán Ngọc Vân – Chính xác – Bảo mật – Tận tâm.