Hóa đơn bỏ sót là vấn đề phổ biến mà nhiều doanh nghiệp tại Hải Phòng, Hà Nội, Tuyên Quang gặp phải trong quá trình quản lý tài chính. Việc xác định đúng hóa đơn bỏ sót kê khai vào kỳ nào không chỉ ảnh hưởng đến tính chính xác của hồ sơ thuế mà còn tránh được các khoản phạt từ cơ quan thuế. Từ ngày 1/7/2026, khi Thông tư 89/2026/TT-BTC và Thông tư 91/2026/TT-BTC có hiệu lực, quy định về kỳ kê khai hóa đơn bỏ sót trở nên rõ ràng hơn. Bài viết này của Kế Toán Thuế Ngọc Vân sẽ giúp bạn hiểu rõ các quy tắc cơ bản và tránh sai sót trong kê khai thuế.

Hóa Đơn Bỏ Sót Kê Khai Vào Kỳ Nào: Các Trường Hợp Chính

Quy định về kỳ kê khai hóa đơn bỏ sót phụ thuộc trực tiếp vào việc sai sót đó ảnh hưởng đến nghĩa vụ nộp thuế ra sao. Điều này được quy định cụ thể tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và hướng dẫn chi tiết trong Thông tư 89/2026/TT-BTC.

Bỏ Sót Hóa Đơn Đầu Ra Kê Khai Kỳ Nào?

Trường hợp doanh nghiệp phát hiện bỏ sót một hóa đơn bán hàng (hóa đơn đầu ra), quy tắc kê khai rất rõ ràng. Khi bỏ sót hóa đơn đầu ra, điều này luôn làm tăng doanh thu và thuế giá trị gia tăng đầu ra phải nộp, do đó bạn phải khai bổ sung vào kỳ phát sinh doanh thu gốc.

Ví dụ cụ thể: Công ty A tại Hải Phòng lập hóa đơn bán hàng vào ngày 10/06/2026, nhưng quên không kê khai hóa đơn này. Đến ngày 20/07/2026 mới phát hiện. Công ty A sẽ khai bổ sung hóa đơn đó vào kỳ tháng 6/2026 (nếu kê khai theo tháng) hoặc quý 2/2026 (nếu kê khai theo quý). Cách làm này đảm bảo rằng doanh thu và thuế đầu ra được ghi nhận trong kỳ phát sinh, không được xem là một giao dịch mới.

Khi thực hiện bổ sung này, doanh nghiệp cần:

• Điều chỉnh tăng doanh thu tính thuế GTGT
• Điều chỉnh tăng thuế giá trị gia tăng đầu ra
• Nộp thêm tiền thuế (nếu phải nộp)
• Nộp tiền chậm nộp nếu hành động này vi phạm thời hạn kê khai

Bỏ sót hóa đơn đầu ra

Bỏ Sót Hóa Đơn Đầu Vào Kê Khai Vào Kỳ Nào?

Trường hợp bỏ sót hóa đơn mua hàng (hóa đơn đầu vào) phức tạp hơn vì phụ thuộc vào việc sai sót ảnh hưởng đến thuế phải nộp hay số thuế được hoàn. Quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC phân chia thành hai tình huống:

Tình huống 1: Sai sót làm tăng số tiền thuế phải nộp hoặc giảm số tiền thuế được hoàn

Khi phát hiện bỏ sót hóa đơn đầu vào mà việc này làm giảm số thuế được khấu trừ (tức là tăng thuế phải nộp hoặc giảm hoàn thuế), bạn phải khai bổ sung vào kỳ phát sinh hóa đơn gốc.

Ví dụ: Công ty B ở Tuyên Quang mua nguyên vật liệu vào tháng 6/2026 nhưng quên kê khai hóa đơn này. Phát hiện vào tháng 7/2026. Nếu việc không khấu trừ hóa đơn này làm tăng thuế phải nộp, công ty B phải khai bổ sung vào tháng 6/2026 (hoặc quý 2), nộp thêm tiền thuế và tiền chậm nộp.

Tình huống 2: Sai sót chỉ làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ thay đổi số thuế được khấu trừ chuyển kỳ

Khi bỏ sót hóa đơn đầu vào nhưng việc này chỉ làm giảm số tiền thuế phải nộp của kỳ đó (hoặc chỉ thay đổi số thuế chuyển kỳ sau mà không ảnh hưởng đến số thuế phải nộp kỳ hiện tại), bạn được phép kê khai vào kỳ phát hiện sai sót, không cần kê khai bổ sung kỳ gốc.

Ví dụ: Công ty C ở Hà Nội mua hàng tháng 6/2026 nhưng không kê khai hóa đơn. Phát hiện vào tháng 7/2026. Nếu khấu trừ hóa đơn này chỉ làm giảm số tiền thuế phải nộp tháng 6 (hoặc chỉ tăng số thuế chuyển kỳ sau), công ty C kê khai vào tháng 7/2026 mà không cần kê khai bổ sung hồ sơ tháng 6.

Quy định này rất quan trọng để hiểu rõ vì nó ảnh hưởng trực tiếp đến thời điểm kê khai và mức độ phạt. Khi cần khấu trừ thêm số thuế, doanh nghiệp cũng phải đảm bảo hóa đơn thỏa mãn đầy đủ các điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Bỏ sót hóa đơn đầu vào

Xem thêm: Thời Điểm Lập Hóa Đơn GTGT Bán Hàng Hóa, Dịch Vụ 2026

Hóa Đơn Điều Chỉnh Và Hóa Đơn Thay Thế Kê Khai Kỳ Nào?

Hóa đơn điều chỉnh là loại hóa đơn mà người bán lập khi cần thay đổi giá trị, khối lượng hoặc các thông tin khác của hóa đơn gốc đã lập trước đó. Hóa đơn thay thế là hóa đơn lập lại khi hóa đơn gốc có sai sót.

Quy Định Kê Khai Hóa Đơn Điều Chỉnh

Theo Thông tư 91/2026/TT-BTC, quy tắc kê khai hóa đơn điều chỉnh phụ thuộc vào tác động của nó:

Đối với người bán:

• Nếu hóa đơn điều chỉnh làm thay đổi doanh thu hoặc thuế giá trị gia tăng đầu ra (làm tăng hoặc làm giảm), khai bổ sung vào kỳ phát sinh hóa đơn gốc.
• Nếu hóa đơn điều chỉnh không làm thay đổi nghĩa vụ thuế, không cần kê khai bổ sung.

Đối với người mua:

• Nếu hóa đơn điều chỉnh làm tăng thuế phải nộp hoặc giảm thuế được hoàn, khai bổsung vào kỳ phát sinh hóa đơn gốc.
• Nếu hóa đơn điều chỉnh làm giảm thuế phải nộp hoặc chỉ thay đổi số thuế được khấu trừ chuyển kỳ, kê khai vào kỳ phát hiện hóa đơn điều chỉnh (không kê khai bổ sung kỳ gốc).
• Nếu không ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế, không cần điều chỉnh trên kê khai thuế.

Những Trường Hợp Áp Dụng Hóa Đơn Điều Chỉnh

Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định rõ các trường hợp phải lập hóa đơn điều chỉnh:

• Điều chỉnh giá trị quyết toán dự án: Khi có thay đổi đơn giá, khối lượng do các quyết định từ chủ đầu tư hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
• Trả lại hàng hóa: Khi khách hàng trả lại toàn bộ hoặc một phần hàng hóa, người bán phải lập hóa đơn điều chỉnh (trừ trường hợp có thỏa thuận khác).
• Hoàn phí, giảm phí: Trong lĩnh vực bảo hiểm, dịch vụ viễn thông, hoặc các khoản chi để giảm thu khác, người bán lập hóa đơn điều chỉnh khi xác nhận hoàn, giảm.
• Chiết khấu thương mại: Khi có chiết khấu dựa trên số lượng hoặc doanh số, người bán tính điều chỉnh trên hóa đơn bán lần cuối cùng hoặc kỳ tiếp sau.

Trong các tình huống này, nếu bạn là doanh nghiệp nhỏ tại Hải Phòng, Hà Nội hoặc Tuyên Quang, hãy cân nhắc sử dụng dịch vụ kế toán trọn gói của Kế Toán Thuế Ngọc Vân để đảm bảo không sai sót khi xử lý hóa đơn điều chỉnh.

Những trường hợp áp dụng hóa đơn điều chỉnh

Xem thêm: Hóa đơn hợp lệ chi tiết theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP

Hướng Dẫn Sử Dụng Chỉ Tiêu [37] Và [38] Trên Tờ Khai 01 GTGT

Từ 1/7/2026, việc kê khai hóa đơn bỏ sót, hóa đơn điều chỉnh được thực hiện thông qua chỉ tiêu [37] hoặc [38] của Mẫu tờ khai 01 GTGT (Thông tư 89/2026/TT-BTC).

Chỉ Tiêu [37]: Điều Chỉnh Giảm Số Thuế GTGT

Chỉ tiêu này dùng để kê khai những trường hợp điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ. Các trường hợp sử dụng chỉ tiêu [37] bao gồm:

• Phát hiện bỏ sót hoặc sai sót hóa đơn đầu vào trong kỳ hiện tại làm giảm số tiền thuế phải nộp.
• Nhận hóa đơn điều chỉnh làm giảm số tiền thuế được khấu trừ.
• Hộ, cá nhân kinh doanh mua hàng trả chậm mà chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: phần giá trị hàng chưa thanh toán sẽ kê khai vào chỉ tiêu [37].

Chỉ Tiêu [38]: Khấu Trừ Khi Có Chứng Từ Thanh Toán

Chỉ tiêu này dùng để bổ sung kê khai khấu trừ những hóa đơn mà trước đó không thể khấu trừ vì thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, nhưng sau đó đã có chứng từ.

Ví dụ: Công ty mua hàng có giá trị 100 triệu đồng trong tháng 6 nhưng khách hàng chưa thanh toán, nên chưa khấu trừ thuế. Khai vào chỉ tiêu [37] để điều chỉnh giảm. Đến tháng 7 khách hàng thanh toán, lúc này kê khai khấu trừ vào chỉ tiêu [38].

Các Trường Hợp Đặc Biệt Cần Lưu Ý

Bỏ Sót Hóa Đơn Khi Chuyển Đổi Phương Pháp Tính Thuế

Nếu doanh nghiệp chuyển từ phương pháp khấu trừ thuế sang phương pháp trực tiếp tính thuế trên doanh thu, bất kỳ số thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ hết phải được kê khai điều chỉnh giảm vào kỳ tháng cuối cùng trước khi chuyển đổi, không cần kê khai bổ sung hồ sơ.

Lưu Ý Về Tiền Chậm Nộp

Khi khai bổ sung hóa đơn bỏ sót hoặc sai sót làm tăng thuế phải nộp, ngoài tiền thuế thêm, doanh nghiệp phải nộp tiền chậm nộp (còn gọi là lãi chậm nộp) từ ngày kỳ kê khai gốc kết thúc cho đến ngày thực tế nộp. Mức lãi được tính theo quy định của pháp luật về quản lý thuế, hiện là lãi suất do Thủ tướng Chính phủ quy định hàng năm.

Hóa Đơn Không Hợp Pháp Không Được Khấu Trừ

Cần lưu ý rằng việc bỏ sót hoặc sai sót hóa đơn chỉ có thể được điều chỉnh nếu hóa đơn đó hợp pháp và đáp ứng đầy đủ các điều kiện khấu trừ. Hóa đơn không hợp pháp (ví dụ như hóa đơn xuất theo mẫu cũ sau khi có quy định dùng mẫu mới, hoặc hóa đơn thiếu các thông tin bắt buộc) sẽ không được khấu trừ và do đó không thể kê khai bổ sung.

Những Sai Lầm Thường Gặp Khi Xử Lý Hóa Đơn Bỏ Sót

1. Kê Khai Hóa Đơn Bỏ Sót Vào Kỳ Phát Hiện Thay Vì Kỳ Gốc

Nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là các hộ kinh doanh, thường nhầm lẫn kê khai hóa đơn bỏ sót vào kỳ phát hiện mà không xét đến tác động của nó. Điều này dẫn đến kê khai sai hồ sơ thuế và bị xử phạt.

2. Không Nộp Tiền Chậm Nộp Khi Bổ Sung

Khi bổ sung hóa đơn bỏ sót làm tăng thuế phải nộp, nhiều doanh nghiệp quên nộp tiền chậm nộp. Đây là một yêu cầu bắt buộc theo luật, và việc không nộp sẽ bị phạt thêm.

3. Không Phân Biệt Giữa Hóa Đơn Điều Chỉnh Và Hóa Đơn Sai

Hóa đơn điều chỉnh dùng cho các trường hợp thay đổi giá trị hợp lệ (trả hàng, hoàn phí, v.v.), còn hóa đơn bỏ sót hoặc sai lệch là khi hóa đơn gốc thiếu hoặc sai thông tin. Cách xử lý của hai trường hợp này khác nhau.

4. Không Đảm Bảo Hóa Đơn Hợp Pháp

Khi bỏ sót hóa đơn đầu vào, doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ xem hóa đơn đó có hợp pháp không, có đầy đủ các thông tin bắt buộc hay không, vì hóa đơn không hợp pháp sẽ không được khấu trừ.

Xem thêm: Thời Điểm Lập Hóa Đơn GTGT Bán Hàng Hóa, Dịch Vụ 2026

Kết luận

Nếu bạn gặp khó khăn trong xử lý hóa đơn bỏ sót, điều chỉnh hóa đơn, hoặc cần tư vấn về kỳ kê khai, Kế Toán Thuế Ngọc Vân sẵn sàng giúp bạn giải quyết toàn diện. Với 7+ năm kinh nghiệm phục vụ doanh nghiệp tại Hải Phòng, Hà Nội, Tuyên Quang, chúng tôi cung cấp dịch vụ kế toán trọn gói, tư vấn thuế, hoàn thuế cá nhân, và những giải pháp tài chính phù hợp với nhu cầu của bạn.

Thông tin liên hệ:

Công ty TNHH Dịch vụ Doanh nghiệp Ngọc Vân

• Hotline: 0941 233 469 | Zalo: 0789 368 883
• Website: vnyuyun.com
• Email: ttv@vnyuyun.com
• Wechat: Vnyuyun
• Fanpage: Kế Toán Thuế Ngọc Vân
• Địa chỉ:
  • Tầng 3, Số 69 Nguyễn Tất Tố, Phường Lê Chân, Hải Phòng
  • Tầng 6, Số 2 Ngõ 18, Nguyễn Cơ Thạch, Từ Liêm, Hà Nội
  • Số 88, Đường 20/8, Phường Hà Giang 1, Tuyên Quang

Hãy để Kế Toán Thuế Ngọc Vân "Trao Niềm Tin – Tặng Giá Trị" cho hoạt động kinh doanh của bạn. Liên hệ ngay để được tư vấn miễn phí về cách xử lý hóa đơn bỏ sót và tối ưu hóa nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp!